Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik Universitas Mulawarman dipimpin oleh Dekan, yang dibantu oleh tiga Wakil Dekan, yakni Wakil Dekan I (bidang akademik), Wakil Dekan II (bidang administrasi, kepegawaian dan keuangan) dan Wakil Dekan III (bidang kemahasiswaan).

Dibidang akademik, Dekan membawahi Program Studi (dipimpin Koordinator Prodi, yang dibantu Sekretaris Prodi).

Dibidang administrasi, Dekan membawahi Tata Usaha (TU), yang dipimpin oleh Koordinator Tata Usaha (KTU). KTU membawahi sub-sub koordinator, yang dipimpin oleh Kepala Sub-koordinator , seperti Sub. Koordinator Pendidikan, Sub. Koordinator Kemahasiswaan, Sub. Koordinator Keuangan & Kepagawaian, Sub. Koordinator BMN & Perlengkapan.